Os estudos sobre tecnologias para sistemas orgânicos de produção ou em transição agroecológica possibilitam benefícios ambientais, sociais e econômicos. E a formalização do ingresso da Embrapa Agrobiologia no campo de estudos da agricultura orgânica se deu em 1993, com a implantação do Sistema Integrado de Produção Agroecológica (SIPA), mais conhecido como Fazendinha Agroecológica Km 47, um espaço que foi planejado para ser uma vitrine da produção orgânica, sendo resultante de uma iniciativa conjunta da Embrapa Agrobiologia, da Empresa de Pesquisa Agropecuária do Estado do Rio de Janeiro (Pesagro-Rio) e da Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ).
Hoje, o local é a base para a maioria das pesquisas em agricultura orgânica do centro, englobando estudos sobre a adaptação de cultivares ao sistema orgânico de produção, o desenvolvimento de substratos adequados para a produção de mudas, a adequação do uso de leguminosas para a adubação verde, a técnica de plantio direto em sistemas orgânicos de produção de hortaliças e frutas, a cobertura viva do solo com leguminosas perenes em pomares e o manejo fitossanitário para controle de pragas e doenças.
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